A vida da prelatura insere-se, como parte viva, dentro de cada diocese. Por isso, a prelatura está em constante relação com a diocese e com o respectivo Bispo. Além disso, é juridicamente necessária a intervenção do Bispo para iniciar o trabalho da prelatura na diocese ou para abrir centros da prelatura. O mais importante, no entanto, são os contactos permanentes que ajudam à plena sintonia com a vida diocesana e com os objectivos pastorais do Bispo diocesano.
A prelatura do Opus Dei está em comunhão com todas as realidades eclesiais presentes na diocese. Dentro da legítima autonomia eclesial de cada uma dessas realidades, a vida da diocese a que todas pertencem oferece habitualmente múltiplas ocasiões de contacto e colaboração. Convém ter presente que o Opus Dei não constitui um grupo à parte dentro da diocese e não é nem actua como uma associação, pelo que os seus membros podem livremente participar em associações de fiéis de carácter secular.